祗园寺是九华山四大丛林之一,位于九华街入口处,为全国重点寺院,又名祗园禅寺,古名祗园、祗树庵。初建于明代嘉靖年间,清代多次重修和增建。“祗园”本是印度佛教圣地,相传释迦牟尼在祗园宣扬佛教二十余年。九华山祗园寺即根据这个故事而建,故名。
祗园寺是九华山最早的宫殿式寺庙,也是山上唯一的一座宫殿式建筑,规模为全山寺院之冠。寺依山而建,层层叠叠,鳞次节比,飞檐画栋,金碧辉煌,有大雄宝殿、方丈寥、退居寥、衣钵寥、大寮、小寮、客厅等上百间房屋。但整个建筑并非对称,而是曲曲折折。步入寺门是灵官殿,过一小庭院,一方形重檐殿堂是天王殿,从殿后小院上石阶十余步,便到大雄宝殿。大雄宝殿殿内宝气凝聚,煜然炫灿。从大殿对面的回廊前进,有法堂、斋堂,楼下有禅堂、新戒堂等殿堂。寺内有铜质大锅一口,名“千僧锅”。1933年开办“五百罗汉期”的授戒法会,就用它煮饭,供应千人斋饭。这大概是九华山规模最大的“大锅饭”了。由此可见祗园寺规模之大。
不过,寺内佛像倒是很整齐,一进门厅是哼哈二将,二进是四大金刚、弥陀佛。大雄宝殿从平地至殿顶号称十三丈高,殿门檐上横悬着书法家于右任先生书写的“大雄宝殿”金字大匾。殿正中莲花台上端坐着三尊二丈多高的贴金大佛:中坐者为“如来”,左边一尊为“阿弥陀佛”,右边一尊为“药师佛”。此三尊大佛均为九华山寺庙佛像之冠。
祗园寺东侧是藏经楼、上客堂。藏经楼内珍藏稀珍经书。其中《龙藏》,全称《乾隆版大藏经》,又名《清藏》,完成于清高宗乾隆三年(公元1738年),是清代唯一的官刻汉文大藏经,全藏共收经1669部、7168卷,弥足珍贵。